ترتيب موجود سوره هاى قرآنى ـ كه از سوره حمد شروع مى شود و به سوره الناس ختم مى گردد ـ قطعاً با ترتيب نزول آنها هماهنگى ندارد؛ زيرا بسيارى از سوره هايى كه در مكه و در آغاز بعثت نازل شده است، اكنون از جهت ترتيب در پايان قرآن قرار گرفته و بر عكس بسيارى از سوره هاى مدنى در اول يا وسط قرآن قرار گرفته است. تقريباً مى توان گفت ترتيب موجود سوره هاى قرآن برعكس ترتيب نزول آنها مى باشد و ابتدا سوره هاى طولانى آمدهاست و در آخر به سوره هاى كوتاه كه نوعاً مكى هستند ختم مى شود، ولى مسئله اين است كه آيا ترتيب كنونى سوره قرآن به دستور پيامبر(ص) انجام گرفته يا با اجتهاد و رأى صحابه بعد از پيامبر(ص) بوده است؟ نظر اكثر محققان بر آن است كه ترتيب موجود، امر توقيفى است؛ يعنى، از جانب خدا و به دستور پيامبر(ص) انجام شده است و مؤيد آن روايتى است از ابى بن كعب كه گفت: روزى رسول خدا(ص) مرا احضار كرد و فرمود: جبرئيل مرا مأمور ساخته تابر تو درود و تهنيت بگويم و قرآن را بر تو بخوانم… و سپس رسول خدا(ص) به بيان فضيلت سوره هاى قرآنى به ترتيب موجود در قرآن از سوره حمد تا الناس پرداخت. همان گونه كه در مورد ترتيب نزول سوره ها گفته شد، ترتيب آيات هر سوره نيز با ترتيب نزول آيات تفاوت دارد و بين ترتيب نزول آيات هر سوره، تقديم و تأخّر وجود دارد؛ چه بسا آياتى كه ديرتر نازل شده، ولى در اول سوره قرار گرفته است و حتى در بعضى از سوره ها، بخشى از آيات آن مكّى و بخش ديگر آن مدنى است. ولى از مجموع اسناد و روايات چنين برمى آيد كه ترتيب آيات در بين سوره ها و هم چنين الحاق هر آيه اى به سوره مخصوص،امرى توقيفى بوده كه از جانب خدا و به دستور پيامبر(ص) انجام گرفته و تقريباً اكثريت قريب به اتفاق علماى اسلامى بر اين باور هستند. 

همان گونه كه در مورد ترتيب نزول سوره ها گفته شد، ترتيب آيات هر سوره نيز با ترتيب نزول آيات تفاوت دارد وبين ترتيب نزول آيات هر سوره، تقديم و تأخّر وجود دارد؛ چه بسا آياتى كه ديرتر نازل شده، ولى در اول سوره قرارگرفته است و حتى در بعضى از سوره ها، بخشى از آيات آن مكّى و بخش ديگر آن مدنى است. ولى از مجموع اسناد وروايات چنين برمى آيد كه ترتيب آيات در بين سوره ها و هم چنين الحاق هر آيه اى به سوره مخصوص، امرى توقيفىبوده كه از جانب خدا و به دستور پيامبر(ص) انجام گرفته و تقريباً اكثريت قريب به اتفاق علماى اسلامى بر اين باورهستند. 

چينش اغلب آيات قرآن به دستور پيامبر(ص) و در زمان خود آنحضرت بوده است. و در مواردى آياتى از يك آيه بطور جداگانه و در مقاطع مختلف نازل مى گرديد و در بين فواصل نزول اين آيات چه بسا آيات ديگرى مربوط به سوره ديگرنازل مى گرديد لذا پيامبر اكرم(ص) جايگاه هر آيه را مشخص نموده و اعلام مى فرمودند كه مربوط به كدامين سوره هست. 
در مواردي كه ظاهر آيه اي از يك سوره با ظاهر آيه ديگري از سوره ديگر،نا سازگاري داشته باشد،با تأمل مي توان وجه جمع بين آنها را بدست آورد ،مانند اينكه در آيه اي قبض روح به فرشتگان ودرجائي به ملك الموت ودر جاي ديگربه خود خداوند نسبت داده شده است كه وجه جمع آنست كه فرشتگان با اذن خدا اقدام به اين كار مي كنندوفرمانده آنها ملك الموت مي باشد.
اگر در موردي ابهام داشتيد بنويسيد تا توضيح داده شود،زيرا يكي از وجوه اعجاز قرآن ،اعجاز در هماهنگي وعدم تعارض آيات مي باشدوهر موردي توجيه مناسب خود را دارد.
 (لوح فشرده پرسمان، اداره مشاوره نهاد نمايندگي مقام معظم رهبري در دانشگاه ها، كد: ۳/۱۰۰۱۰۸۲۶۷